为保障2008年12月27日公布的《全国人民代表大会常务委员会关于修改〈中华人民共和国专利法〉的决定》的施行，9月29日，国家知识产权局颁布《施行修改后的专利法的过渡办法》，对修改前后专利法实施的衔接问题作出明确规定。
根据该办法第2条的规定，申请日在2009年10月1日前的专利申请以及根据该申请授予的专利权，除该办法另有规定的外，适用修改前的专利法的规定；申请日在2009年10月1日以后的专利申请以及根据该申请授予的专利权，适用修改后的专利法的规定。这就表明，对于2009年10月1前受理但在2009年10月1日尚未授予专利权的专利申请，其授权条件、审查程序以及将来可能出现的无效宣告等，原则上仍然适用修改前的规定。这一规定符合立法法第84条关于立法不溯及既往的原则规定，也有利于保障专利申请人和专利权人的合法权益。
为了保障国家利益和公共利益，根据前述办法第3条的规定，对基于2009年10月1日前受理的专利申请授予的专利权请求强制许可的，适用修改后的专利法的规定。
关于管理专利工作的部门对涉嫌专利侵权行为的处理或者对涉嫌假冒专利行为的查出，根据前述办法第4条、第5条的规定，如果涉嫌侵权或者假冒的行为发生在2009年10月1日之后的，适用修改后的专利法的规定。这有利于保障专利权人和公众的利益。
为了方便外国申请人、专利权人在中国申请专利和办理其他专利事务，也为了营造公平的专利代理竞争秩序，前述办法第7条还明确规定，外国申请人或者专利权人在2009年10月1日以后委托或者变更专利代理机构的，适用修改后的专利法第19条的规定，即可以委托任何一家依法设立的专利代理机构，而不是修改前的第19条规定的由国家知识产权局指定的专利代理机构。
